在食用菌的栽培過程中，食用菌除了受病原體的侵染，不能正常生長發(fā)育外，同時還會遇到某些不良的環(huán)境因子的影響，造成生長發(fā)育的生理性障礙，產生各種異?，F象，導致減產及其品質下降，即所謂生理性病害，如菌絲徒長、畸形菇、硬開傘、死菇等。
　　1、菌絲徒長
　　蘑菇、香菇、平菇等栽培時均有發(fā)生。在菇房（或菇床）濕度過大和通風不良的條件下，菌絲在覆土表面或培養(yǎng)料面生長過旺，形成一層致密的不透水的菌被，推遲出菇或者出菇稀少，造成減產。菌絲徒長除了與上述環(huán)境條件有關外，還與菌種有關。有在原種的分離過程中，氣生菌絲挑取過多，常常使母種和栽培種產生結塊現象，出現菌絲徒長。
　　在栽培蘑菇的過程中，一旦出現菌絲徒長的現象，就立即加強菇房通風，降低二氧化碳的濃度，減少細土表面濕度，并適當降低菇房溫度，抑制菌絲徒長，促進出菇。若土表已出現菌被，可將菌膜劃破，然后噴重水，大通風，仍可望出菇。
　　2、畸形菇
　　蘑菇、平菇、香菇等食用菌栽培過程中，常常出現形狀不規(guī)則的子實體，或者形成未分化的組織塊。如栽培平菇時，常常出現由無數原基堆集成花菜狀子實體，直徑由幾厘米到20厘米以上，菌柄不分化或極少分化，無菌蓋。原基發(fā)生后的畸形菇，則是由異常分化的菌柄組成珊瑚狀子實體，菌蓋無或者極小。蘑菇、香菇常出現菌柄肥大，蓋小肉薄，或者無菌褶的高腳菇等畸形菇。
　　造成食用菌形成畸形菇的原因很多，主要是二氧化碳濃度過大，供氧不足；或覆土顆粒過大，出菇部位低；或光照不足；或溫度偏高，或用藥不當而引起藥害等。根據具體情況采取相應的補救措施。
　　3、玫冠病
　　主要出現在蘑菇上。病菇菌蓋邊緣上積，在菌蓋上表面形成菌褶；有時則在菌蓋上形成菌管、菌褶分辨不清的瘤狀物。玫冠病往往在最早的幾潮菇發(fā)生較多。
　　玫冠病主要是化學藥品污染所致，如礦物油、雜酚油、酚類化合物，或殺菌劑農藥使用過量等產生，在以上方面操作注意即可。
　　4、薄皮早開傘
　　在蘑菇出菇旺季，由于出菇過密，溫度偏高（18度以上），很容易產生薄皮早開傘現象，影響蘑菇質量。在栽培中，菌絲不要調的過高，宜將出菇部位控制在細土縫和粗細土粒之間；防止出菇過密，適當降低菇房溫度，可減少薄皮早開傘現象。
　　5、空根白心
　　蘑菇旺產期如果溫度偏高（18度以上）菇房相對濕度太低，加上土面噴水偏少，土層較干，蘑菇菇柄容易產生白心。在切削過程中，或加工泡水階段，有時白心部分收縮或脫落，形成菌柄中空的蘑菇，嚴重影響蘑菇產量和質量。
　　為了防止空根白心蘑菇的產生，可在夜間或者早晚通風，適當降低菇房溫度，同時向菇房空間噴水，提高空氣的相對濕度。噴水力求輕重結合，盡量使粗土和細土都保持濕潤。
　　6、硬開傘
　　當溫度低于18度，且溫差變化達到10度左右時，蘑菇的幼嫩子實體往往出現提早開傘（硬開傘）現象。在突然降溫，菇房空氣濕度偏低的情況下，蘑菇硬開傘現象尤甚，嚴重影響蘑菇的產量和質量。在低溫來臨之前，做好菇房保溫工作；減小室內溫差，同時增加菇房內空氣相對濕度，可防止或減少蘑菇硬開傘。
　　7、水銹斑
　　多見于蘑菇。菇房通風不良，空氣相對濕度超過95%時，菇蓋上常有積水，或覆土粒上有銹斑，都會使蘑菇菌蓋表面產生鐵銹色斑點，影響菇體外觀。避免使用帶鐵銹色的覆土，加強通風排濕，及時蒸發(fā)菌蓋表面的水滴，可防止蘑菇水銹斑的發(fā)生。 
　　8、死菇
　　在蘑菇、香菇、草菇、平菇、金針菇等多種食用菌的栽培中，均有死菇現象發(fā)生。尤其是頭兩潮菇出菇期間，小菇往往大量死亡，嚴重影響前期產量。
　　造成死菇的原因：
　　一、是出菇過密過擠，營養(yǎng)供應不足；
　　二、是高溫高濕，菇房或菇場通風不良，氧化碳累積過量，致使小菇悶死；
　　三、是出菇時噴水過多，且對菇體直接噴水，導致菇體水腫黃化，潰爛死亡；
　　四、是用藥過量，產生藥害，傷害了小菇。