雜菌與食用菌的關系相當于雜草與綠色作物的關系，它們并不像病原菌那樣直接侵害食用菌，而是通過在培養(yǎng)基質上的生長，與食用菌爭奪養(yǎng)分，同時形成毒素，抑制食用菌生長。危害食用菌的雜菌主要是霉菌類和少數的高等真菌、細菌及黏菌。

　　1.熟料栽培的雜菌控制。熟料栽培的雜菌污染源主要有培養(yǎng)料帶菌（滅菌不徹底）、菌種帶菌、接種工具帶菌（滅菌不徹底）、接種操作外界雜菌侵入和培養(yǎng)期間的外界雜菌侵入等。據此，防治要點應在于：①選用潔凈新鮮無霉變的原料，并徹底滅菌。這是預防雜菌污染的第一道防線。②認真挑選菌種，杜絕菌種帶雜菌。③科學配料，控制水分和pH值，創(chuàng)造不利于雜菌侵染的基質條件。經驗表明，料中麥麩多或加入糖后，霉菌污染率較高。當用豆粉或餅肥粉代替部分麥麩，并無糖時，霉菌污染率可明顯降低。含水量偏高時，霉菌污染發(fā)生多，含水量偏低時，霉菌污染發(fā)生少。④嚴格接種，嚴把操作關。⑤創(chuàng)造適宜的培養(yǎng)條件，特別要注意場所潔凈、干燥，以減少外界雜菌的侵染。

　　2.生料和發(fā)酵料栽培的雜菌控制。生料和發(fā)酵料中自然存在著多種微生物。食用菌培養(yǎng)期間，污染能否發(fā)生主要取決于料的微生物區(qū)系中各種微生物之間的平衡狀態(tài)，這種平衡一旦被打破，污染就會發(fā)生。通常采取以下措施預防污染。①提高培養(yǎng)料的pH值，在不明顯影響食用菌菌絲生長的前提下，抑制霉菌的生長。②適當偏干，增加透氣性，促進食用菌菌絲生長，抑制霉菌生長。③加大接種量，占取料中微生物種群優(yōu)勢。④料中適量加入多菌靈等殺真菌劑，抑制霉菌生長。⑤創(chuàng)造利于食用菌生長的環(huán)境條件，如溫度、通風，促進食用菌生長來抑制雜菌的繁殖。⑥科學合理發(fā)酵，制作只利于食用菌生長而不利于雜菌生長的選擇性基質，包括適于食用菌生長的理化性狀和微生物區(qū)系。