因羊肚菌營(yíng)養(yǎng)很豐富，味道很香，特別是菌絲生長(zhǎng)階段發(fā)出一種特殊的香味，很多害蟲(chóng)都喜歡吃菌絲，目前害蟲(chóng)已成為羊肚菌成敗及產(chǎn)量的關(guān)鍵，羊肚菌的害蟲(chóng)主要有跳蟲(chóng)、菌蚊和蛞蝓，這幾種蟲(chóng)都喜歡吃羊肚菌的菌絲，特別是跳蟲(chóng)危害羊肚菌菌絲最嚴(yán)重，跳蟲(chóng)體積很小，肉眼很難看見(jiàn)，一般在播種后10多天都會(huì)發(fā)生，主要是由跳蟲(chóng)的成蟲(chóng)飛來(lái)產(chǎn)卵，繁殖的小幼蟲(chóng)，幼蟲(chóng)潛伏在土壤中專(zhuān)吃菌絲，數(shù)量多，繁殖快，它不怕冷、不怕熱、不怕水、不怕旱，是一種很頑固的害蟲(chóng)，防治相當(dāng)困難，給羊肚菌生產(chǎn)帶來(lái)毀滅性的災(zāi)害，甚至可造成羊肚菌的減產(chǎn)和絕收。
       蛞蝓俗稱(chēng)鼻涕蟲(chóng)，系軟體動(dòng)物，身體裸露，無(wú)外殼。其畏光怕熱，白天躲在磚、石塊下面及土縫中，黃昏后陸續(xù)出來(lái)取食為害，天亮前又躲起來(lái)。
      菌蚊以幼蟲(chóng)期為害最大，除在培養(yǎng)料表面蛀食外，有的還結(jié)網(wǎng)罩住菇蕾，使菇體不能正常生長(zhǎng)。

病蟲(chóng)害發(fā)生時(shí)一般菇農(nóng)會(huì)選擇用農(nóng)藥殺蟲(chóng)，農(nóng)藥的使用除了容易殘留造成食用菌毒害，由于羊肚菌出菇前脆弱敏感，還很容易刺激到菌絲，抑制羊肚菌的生長(zhǎng)。這也是羊肚菌產(chǎn)量普遍很低的原因之一。
      要想完全消滅跳蟲(chóng)，菌蚊，蛞蝓這三大羊肚菌的主要害蟲(chóng)，又不影響羊肚菌的菌絲生長(zhǎng)和子實(shí)體發(fā)育，是當(dāng)前一件很困難的事。對(duì)病蟲(chóng)害的防止我們始終強(qiáng)調(diào)“預(yù)防為主、治療為輔”，強(qiáng)調(diào)規(guī)范化操作，發(fā)菌階段加強(qiáng)管理讓菌絲健壯有力，出菇階段調(diào)好溫、濕、光等創(chuàng)造讓子實(shí)體生長(zhǎng)最有利的條件，讓其減少病害侵入的機(jī)會(huì)。
      尤其是在土壤中播種，保持場(chǎng)地環(huán)境衛(wèi)生，提前使用em菌消毒液噴灑土壤，殺滅病菌害蟲(chóng)，為羊肚菌生長(zhǎng)提供一個(gè)安全的環(huán)境。在拌料是加入菌菇生態(tài)寶，讓羊肚菌菌種在良好的營(yíng)養(yǎng)環(huán)境中快速分化成長(zhǎng)，內(nèi)部?jī)?yōu)勢(shì)強(qiáng)大減少病蟲(chóng)害的入侵機(jī)會(huì)。